操作

どちらのバージョンもデザインは似ていますが、操作方法に違いがあります。ナノループ２．０はより多くの機能があるため、メニューも複雑で色々なモードがあります。一方１．３では、よりゲーム感覚に近い遊び方ができ、シンプルなので、使い方をすぐに習得することができます。


サウンド

ナノループ1.3は古いタイプのゲームボーイ内臓の「原始的な」サウンドジェネレータを利用した、昔ながらのファミコンサウンドに特有な荒削りな音が魅力ですが、ナノループ２．０は8ビットのソフトウエア・シンセサイザーであり、色々なサウンドが各インスツルメントとして用意され、フィルター、エンベロープ、その他エフェクトなど多種の機能が搭載されています。1.3は、トラック数も4トラックに制限されており、サウンドのタイプもフィックスですが、２．０は8トラックあり、自由に調整できるシンセサイザーです。

2.0は、ノイズ系から滑らかな音まで、音のバリエーションが豊富です。１．３のウエーブテーブルは編集できますが、２．０ではできません。
2.0はハードディスクレコーディングが使用でき、クリアなデジタル・レコーディングが可能ですが、1.3ではこの機能は使えません。

メモリ

ナノループ2.0は16曲のソングにそれぞれ8トラックあり、さらにソングとは別に独立した128個のパターンが格納できます。 ナノループ1.3では、ソングは16曲保存でき、1ソングにつき、それぞれ15個のパターンを格納できますが、ソングから独立したパターンは保存できません。

２．０のソングエディタはパターン配列のアレンジだけでなく、ボリュームやフィルターカットオフの操作が個別にできます。

どちらのバージョンもフラッシュメモリが搭載されていますが、２．０はデータ保存の際、バッテリを利用してSRAMバッファを使っています。２．０ではフラッシュメモリへの書き込みにやや時間がかかり、再生中のサウンドが止まってしまうので、フラッシュメモリはSRAMのバックアップにしか利用されません。１．３のフラッシュメモリはサウンド再生中にもアクセスできるので、SRAMはなく、バックアップの必要もありません。

２．０は2個のゲーム機をケーブルでつなぐか、カートリッジ・スワッピングでデータを交換することができます。（カートリッジスワッピングとは、保存したいデータをアップロードし、そのままナノループを止めずにカートリッジ抜き、別のカートリッジを差し入れ、そのカートリッジに保存したいデータを落とすというデータ交換方法です。）１．３はデータの交換はできません。（将来的にはPCのバックアップデバイスを利用したデータ交換が可能になるかもしれません。）

シンクロ

どちらのバージョンも２つのゲーム機間あるいはMIDI機とのタイミングを同期することができます。